Nadat Amsterdam voor het eerst in 1275 op schrift voorkwam in het inmiddels bekende tolprivilege van Floris V, kreeg de plaats aan de Amstel in 1342 stadsrecht. Hierin werd de term 'haven' genoemd. Hiermee werd alleen de monding van de Amstel omschreven, die wij vandaag de dag kennen als het Damrak. Tot in de zestiende eeuw was deze Amsteldelta de Amsterdamse haven. Het eigenlijke havengebied was veel groter en omvatte de inhammen van het licht aan weerszijden van de stad. Deze werden de 'walen' genoemd. Van deze walen raakte die aan de Nieuwe Zijde in de zestiende eeuw in onbruik, terwijl de waal aan de Oude Zijde steeds meer van belang werd.
De eerste grote ontwikkeling van de Amsterdamse haven deed zich voor in de tweede helft van de zestiende eeuw en vooral in onze Gouden Eeuw. Aan de westzijde van de stad werd de Nieuwe Waal aangelegd, beschermd door het 'Leeuwenhoofd', in de volksmond al spoedig als 'Blauwhoofd' betiteld. Vandaag de dag is deze plaats bekend als de locatie van de speeltuin Barentszplein. Voor de handel en scheepvaart werden aan de westzijde het Bickers-, Prinsen- en Realeneiland aangelegd. De oostzijde (Oude Zijde) bleef toch belangrijker. In 1593 trokken de Amsterdamse vroede vaderen Uilenburg en Rapenburg bij de stad. In de Gouden Eeuw volgden het nieuwe Waalseiland, Kattenburg, Wittenburg en Oostenburg. Vooral in deze nieuwe aanwinsten verrezen de pakhuizen (vemen) en scheepstimmerwerven.
Na de Gouden Eeuw volgde een periode van stagnatie in de vaderlandse economie. Voor Amsterdam leidde dit tot een havengebied, dat niet meer verder uitdijde. Stilstand leidt tot achteruitgang en om het allemaal erger te maken kwam daar de voortdurende aanslibbing bij van de haven, het IJ en de walen. De haven, die via de Zuiderzee met de Noordzee was verbonden, werd steeds ondieper en zonder grote aanpassingen kon Amsterdam geen bruikbare zeehaven blijven. In 1824 dacht men gered te zijn door de openstelling van het Noordhollandskanaal. Aansluitend hierop kwamen in 1832 het Oosterdok en in 1834 het Westerdok gereed. Voor de komst van beide dokken had de stad al het Entrepotdok gekregen. De vreugde over de waterweg tussen Amsterdam en Den Helder was van korte duur, want al spoedig bleek er een bredere verbinding nodig te zijn. Op 1 november 1876 werd het Noordzeekanaal in gebruik genomen.
Een jaar voor de opening van het Noordzeekanaal werd de Oostelijke Handelskade in gebruik genomen. In de jaren negentig van de 19e eeuw kwam de IJkade gereed, deze werd ook wel de Nieuwe Handelskade genoemd en staat vandaag de dag bekend als het KNSM- en Java-eiland. In het laatste kwartaal van de negentiende eeuw begon Amsterdam aan de ontwikkeling van een eigentijdse zeehaven met de aanleg van de Houthavens, de Minervahaven en de Petroleumhaven. In de twintigste eeuw volgden in de jaren twintig de Coenhaven en in 1930-1931 het eerste deel van de Westhaven voor de vestiging van de Fordfabriek. Bij alle ontluikende activiteiten na de Tweede Wereldoorlog kwam de beslissende injectie voor de haven uit het Westen. In de jaren zestig werden de Amerika- en Australiëhaven gegraven, eind jaren zeventig werd het eerste deel van de Aziëhaven uitgegraven en op 26 mei 2000 werd de Afrikahaven officieel geopend. In het Oosten kwam halverwege de jaren zeventig een einde aan alle havengebonden activiteiten. Het enige dat in het Oosten nog verwijst naar het bestaan van een Amsterdamse haven, is de Passenger Terminal Amsterdam (PTA) op de kop van de Oostelijke Handelskade voor de ontvangst van zeecruise schepen. Vandaag de dag begint de Amsterdamse haven bij de Houthavens en eindigt ze bij de grens met de gemeente Haarlemmerliede Spaarnwoude.
